После завершения обучения по программе бакалавриата выпускник получает диплом о высшем профессиональном образовании и уже может трудоустраиваться. При желании он может также поступать в магистратуру, продолжить обучение и получить степень магистра, что даст ему возможность заниматься научно-исследовательской работой и претендовать на более высокие должности в сфере своей профессиональной деятельности. 
В настоящее время в магистратуру на бюджетные места принимаются специалисты, окончившие 5 курсов и выпускники бакалавриата.

На кафедре открыта магистратура по программам «Компьютерные науки» (направление 010300.68 «Фундаментальная информатика и информационные технологии») и «Программное обеспечение вычислительных сетей» (направление 010400.68 «Прикладная математика и информатика»).

В 2012 году началась подготовка магистров по программе "Информационные технологии в разработке программного обеспечения" ("IT in Software Engeneering") по направлению 010300.68 ФИиИТ совместно с европейскими университетами из четырех стран (Голландия, Германия, Швеция, Финляндия) Эта работа поддерживается Еврокомиссией по проекту  ICARUS (программа TEMPUS).

Основные направления:

Направление 010300.68 - Магистратура - Фундаментальные информатика и информационные технологии:

Магистерская программа "Информационные технологии в разработке программного обеспечения"

• Современная философия и методология науки
• Иностранный язык
• Математические основы защиты информации и информационной безопасности
• Алгоритмические основы мультимедийных технологий
• Принципы обработки результатов, научных презентаций и публикаций
• Методы оценки производительности
• Сервис-ориентированные архитектуры и Web-сервисы
• Мультиагентные системы
• XML технологии
• Компьютерная этика
• Алгоритмическая теория графов
• Модальные логики
• Мультиагентные системы II
• Всеохватывающий компьютинг
• Анализ информационных систем
• Объектно-ориентированные CASE-технологии и базы данных
• Параллельные и распределенные объектные технологии
• Математическое моделирование информационных систем и процессов
• Семинар IT в инженерии
• Вычислимость и сложность алгоритмов
• Анализ требований
• Верификация программ
• Моделирование и анализ взаимодействующих систем
• Принципы верификации методом Model Checking
• Проектирование ПО на основе моделей
• Облачные вычисления

Магистерская программа "Компьютерные науки":

• История и методология компьютерных наук
• Современные парадигмы программирования
• NP-полные задачи
• Математическое моделирование компьютерных сетей
• Теория телетрафика
• Методы перечисления сложных объектов
• Свободное программное обеспечение
• Нормативные системы
• Модели дискретных систем
• Анализ информационных технологий
• Объектно-ориентированные Case-технологии
• Объектные базы данных
• Распределенные объектные технологии
• Параллельное  и распределенное программирование
• Моделирование информационных систем
• Мобильный компьютинг
• Моделирование аппаратного обеспечения
• Теория вычислительных процессов
• Вычислительные технологии в преподавании компьютерных наук
• Распределенные системы и алгоритмы
• Сетевые технологии
• Технологии интеллектуального анализа
• Системы искусственного интеллекта
• Вычислительная геометрия
• Доказательные вычисления